Planejar moléculas que apresentem atividade biológica promissora para o desenvolvimento de novos fármacos exige a aplicação de abordagens racionais avançadas para a seleção de estruturas químicas adequadas. Uma das metodologias empregadas no início deste processo é o docking molecular, que consiste no acoplamento de uma estrutura química no sítio de interação da molécula-alvo, geralmente uma proteína, auxiliando grandemente na escolha de moléculas com propriedades físico-químicas mais apropriadas, que apresentem boa complementaridade em termos estruturais e de carga com uma região específica do alvo molecular em estudo. Esta é uma etapa essencial para a identificação e seleção de candidatos mais promissores durante o desenvolvimento um novo agente terapêutico, diminuindo tempo e custos associados ao processo.
O objetivo deste curso é promover a compreensão a respeito da abordagem de docking molecular e das etapas envolvidas que devem ser consideradas para realizar estudos que requerem a simulação de interações entre moléculas do sistema biológico. Através de tutoriais e material especificamente elaborado, o participante desenvolverá competências para preparar as moléculas, realizar este procedimento computacional e avaliar criticamente os resultados. O público-alvo inclui (mas não limita-se a) iniciantes (academia, indústria e outros interessados) que desejam aprender mais sobre esta abordagem de forma teórico-prática e rápida, e pretendem progredir para um nível intermediário, através do desenvolvimento de aptidões que os auxiliem a conduzir seus próprios estudos envolvendo a simulação de interações moleculares através de docking.
Obtenha certificado de participação no final do curso!!
Aqui você aprenderá:
Extrair informações em bases de dados químico-biológicas e estruturais;
Avaliar resultados de screening bioquímico de moléculas para estudos computacionais;
Preparar a estrutura 3D da proteína e a base de dados virtual de compostos para os estudos computacionais;
Conduzir o ensaio virtual com uma base de dados contendo milhares de moléculas;
Analisar os resultados obtidos e selecionar moléculas para estudos in vitro;
Realizar o docking com fragmentos moleculares.
Professor: Aderson Zottis, é doutor em Física Biomolecular pelo Instituto de Física da USP de São Carlos e doutorando em Biotecnologia no Instituto de Química da UNESP. Tem experiência como professor de Química e Bioquímica nas instituições UNESP, UFABC, UNIPAR, UNICEP e ICTQ. Na indústria, trabalhou como especialista em cromatografia, desenvolvimento de métodos analíticos para fármacos e medicamentos, controle de qualidade de comprimidos e soluções orais. Possui uma patente de descoberta de peptídeo com atividade antimicrobiana e antitumoral através da aplicação destas abordagens.
Introdução, Conceitos e Instalação de Programas
Olá!
Neste primeiro módulo você verá:
i) Uma breve introdução sobre o processo de planejamento e desenvolvimento de fármacos;
ii) As abordagens computacionais mais comuns empregadas neste processo;
iii) As principais bases de dados de alvos moleculares para estudos computacionais;
iv) Programas a serem obtidos e instalados.
Qualquer dúvida, entre em contato.
Este arquivo contém um passo a passo de como obter o programa PyMOL através da empresa Schrödinger, LLC.
Olá!
Nesta avaliação você deverá escolher, dentre cada questão, aquela que está correta. É necessário, pelo menos, responder corretamente 3 das 5 questões. Isto se faz necessário para avaliar como está indo o seu aprendizado. Faça com calma e busque responder com o auxílio do material fornecido.
Desejo sucesso na sua avaliação!
Procedimento de Docking
Olá!
Neste módulo, você terá acesso a um tutorial para a execução do docking. Lembre-se: é imprescindível que as etapas de instalação e configuração dos programas, no final do módulo 1, tenham sido corretamente observadas. Os programas escolhidos são amplamente utilizados em diversos laboratórios de pesquisa, públicos e privados e não apresentam necessidade de programas adicionais para executá-los. Estes são os programas: PyMOL, AutoDockTools, AutoDock4 (contendo os arquivos autogrid4 e autodock4), e Notepad++. Todos são de livre acesso para utilização pessoal e para estudos, sem fins comerciais.
Esta parte prática consistirá em preparar tanto o ligante quanto a proteína que serão empregados no docking e a análise crítica dos resultados.
Qualquer dúvida ou problema que possa surgir, não hesite em contactar-me, mesmo que seja referente à aplicação direcionada para uma finalidade em específico em sua pesquisa ou estudo.
Desejo a você sucesso neste procedimento computacional!
Olá!
Esta é a avaliação referente ao módulo 2, que segue a mesma ideia da primeira avaliação, onde você terá que escolher a resposta correta para cada uma das 5 questões.
Desejo sucesso na sua avaliação!
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